Voedselovergevoeligheid kan berusten op voedselallergie, bijvoorbeeld koemelkallergie, en op niet-allergische voedselintolerantie, zoals coeliakie en lactose-intolerantie. Koemelkallergie komt voor bij 1 tot 3% van alle zuigelingen en is de meest frequente oorzaak van voedselovergevoeligheid. Over het algemeen is koemelkallergie van voorbijgaande aard; op de leeftijd van drie jaar heeft 90% van de kinderen geen klachten meer. Overgevoeligheid voor gluten (coeliakie) is een multisystemische inflammatoire (auto-) immuunziekte die kan optreden bij erfelijk gepredisponeerde mensen na ingestie van gluten. Hoewel coeliakie bij 1 op de 200 individuen voorkomt, is de incidentie van gediagnosticeerde coeliakie bij kinderen tussen 1 en 2 per 1000. Klinisch uit de aandoening zich zeer variabel, van (vrijwel) symptoomloos tot ernstige dystrofie waarbij het individu onvoldoende groeit ten gevolgen van malabsorptie.